行政诉讼中确认无效判决的适用情形主要有以下几种：
1.主要证据不足。
2.适用法律、法规错误。
3.违反法定程序。
4.超越职权。
5.滥用职权。
6.明显不当。
《行政诉讼法》第六十九条规定，行政行为证据确凿，适用法律、法规正确，符合法定程序的，或者原告申请被告履行法定职责或者给付义务理由不成立的，人民判决驳回原告的诉讼请求。第七十条规定，行政行为有下列情形之一的，人民判决撤销或者部分撤销，并可以判决被告重新作出行政行为：（一）主要证据不足的；（二）适用法律、法规错误的；（三）违反法定程序的；（四）超越职权的；（五）滥用职权的；（六）明显不当的。
《行政诉讼法》第七十二条规定，人民经过审理，查明被告不履行法定职责的，判决被告在一定期限内履行。第七十三条规定，人民经过审理，查明被告依法负有给付义务的，判决被告履行给付义务。
二、行政诉讼判决生效如何执行
人民所作出的行政诉讼的判决或裁定，要求当事人必须履行。对于公民、法人或其他组织拒绝履行判决的，可以向第一审人民申请执行强制执行。行政机关不履行的，可以通知银行从该机关账户中划拨。《中华人民共和国行政诉讼法》第九十四条规定，当事人必须履行人民发生法律效力的判决、裁定、调解书。第九十五条规定，公民、法人或者其他组织拒绝履行判决、裁定、调解书的，行政机关或者第三人可以向第一审人民申请强制执行，或者由行政机关依法强制执行。第九十六条规定，行政机关拒绝履行判决、裁定、调解书的，第一审人民可以采取下列措施：（一）对应当归还的罚款或者应当给付的款额，通知银行从该行政机关的账户内划拨；（二）在规定期限内不履行的，从期满之日起，对该行政机关负责人按日处五十元至一百元的罚款；（三）将行政机关拒绝履行的情况予以公告。
三、行政诉讼可否适用民事诉讼程序
行政诉讼不可以适用民事诉讼程序，因为《行政诉讼法》对于行政诉讼的程序有明确规定，因此行政诉讼应当适用行政诉讼程序。人民审理行政案件的，应由审判员组成合议庭，或者由审判员、陪审员组成合议庭。《行政诉讼法》第六十七条规定，人民应当在立案之日起五日内，将起诉状副本发送被告。被告应当在收到起诉状副本之日起十五日内向人民提交作出行政行为的证据和所依据的规范性文件，并提出答辩状。人民应当在收到答辩状之日起五日内，将答辩状副本发送原告。被告不提出答辩状的，不影响人民审理。